病毒采样管采样主要分为口咽采样和鼻咽采样：
1.口咽采样：首先用压舌板压住舌头，然后将采样拭子头伸入喉咙，擦拭双侧咽扁桃体和咽后壁，用力轻轻擦拭咽后壁，避免触摸舌头单元。
2.鼻咽采样：用棉签测量从鼻尖到耳垂的距离，并用手指标记。沿垂直于鼻子（面部）的方向将取样棉签插入鼻腔。将棉签留在鼻子中15-30秒，轻轻旋转3-5次，然后取出棉签。
从使用方法中不难看出，无论是口咽拭子还是鼻咽拭子，采样都是一项技术任务，既困难又容易污染。所采集样品的质量与后续测试直接相关。如果收集的样品的病毒载量低，则容易引起假阴性，难以诊断。
目前，市场上出售的试剂盒推荐的大多数样品是口咽拭子或鼻咽拭子和肺泡灌洗液。如果使用静脉血样本，尤其是特殊的核酸试管来采集血液，提取和纯化RNA以进行测试。这样可以大大减少采样器工作的难度。毕竟收集静脉血样品的难度不高，并且与检测丙型肝炎RNA一样，从血浆中分离出约5 ml EDTA抗凝血液样品，提取和纯化的RNA完全可以满足PCR检测的需求。
